在军方与联邦法官的冲突中，博索纳洛开始考虑临时卫生部长帕祖洛（EduardoPazuello）的继任者。

新冠病毒大流行已经在巴西夺走了7万多人的生命，而两个月没有卫生部长的压力让总统博索纳洛开始评估新的部长候选人。由于博索纳洛本人也感染了新冠病毒，因此新部长的任命将在总统结束隔离后开始。总统府发言人预计这一议程将在8月中旬进行。

鉴于军方与联邦法官的冲突引发了国家三权之间新的危机，博索纳洛开始考虑临时卫生部长的继任者。在上周六（11日），联邦最高法院（STF）的法官门德斯（GilmarMendes）说军方在巴西引发了健康危机，并将军方跟“种族灭绝”联系到一起。此番言论针对的是在卫生部占据要职的20名军方背景人员，其中有14名在职。

国防部长阿泽维多（FernandoAzevedo e Silva）对此做出回应，并于本周二（14日）向共和国总检察院（PGR）递交了针对门德斯的处罚请愿书。在请愿书中，阿泽维多引用了法律顾问的意见，称门德斯的言论违反了《刑法》，构成侵害名誉罪；引用《国家安全法》第23条“煽动对军方的敌意是犯罪”以及《军事刑法》中某些言论可能影响民众等条款。检察院将根据门德斯的行为决定进一步调查或搁置此案。

门德斯昨日（14日）发表了一份声明，重申对军方的尊重，并表示“任何关注巴西当前局势的分析人都会对巴西公共卫生政策的方向感到担忧”。他还说：“在当前的情况中，将军人推上卫生部关键技术职位已经不再是特事特办的需求，也超出了军队的使命和职权范围。”

之后，门德斯在直播中表示，他的言论是基于“纯学术角度”发表的，并提到了前卫生部长曼德塔（LuísHenrique Mandetta）和医生瓦雷拉（Dráuzio Varella,）也曾指出行政部门在疫情管控上存在的问题。

然而，门德斯的论调仍然不能让军方满意。副总统穆朗（HamiltonMourão）再次表达了自己的不满，称门德斯的言论尺度超出了“批评的限度”，越过了“球门线”。在接受采访时，穆朗表示，如果门德斯品德高尚，那么应该向军方道歉。但穆朗也表示，目前并不是更换卫生部长的理想时机，而是要等到疫情过后。

诚如媒体所透露的，军方高层也确实在向临时卫生部长帕祖洛（EduardoPazuello）施压，如果他要留在卫生部，那么应该申请退役。尽管博索纳洛已经表示要撤换帕祖洛，但政府高层认为门德斯的声明甚至可能导致卫生部的人事变动被推迟。与帕祖洛一起进入卫生部的军方背景人员预计最迟将在9月离开该部门，而帕祖洛本人在政治冲突爆发前就曾透露，他在卫生部的时日不多了。

尽管遭到了抨击，但批评政府抗疫不力的并不只有门德斯一个，由约400名律师和法律代表机构组成的组织Prerrogativas发声捍卫门德斯的观点。在声明中，该组织称门德斯“戳到了政府的伤疤”，而政府在新冠疫情中攻击科学，将卫生部的职能下放给“没有专业知识的军人”；此外，军方对门德斯的攻击是在“强行扭曲事实”，目的是将公众的注意力从“公共政策缺失”造成的死亡中转移。文中还说：“‘种族灭绝’明显是夸张的说法，旨在凸显危机的严重程度，揭露政府对成千上万生命的漠视。”

参议员卡列罗斯（RenanCalheiros）和联邦审计法院的法官丹塔斯（Bruno Dantas）对门德斯的言论表示支持。卡列罗斯在推特上表示，巴西的新冠确诊人数显露出疫情期间军方干预的政策失当，军方必须看到这一事实并对门德斯提出的问题进行反思。丹塔斯也表示：“我不评论门德斯的用词是否得当。我呼吁的是诊断和分析的透明度，以及呼吁领导者改正的权利，超过7万的死亡人数不容政府忽视。”